由緒
上田城本丸跡に鎮座し、真田氏・仙石氏・松平氏という歴代の上田城主を御祭神とする。もとは藤井松平氏の先祖を祀る松平(しょうへい)神社で、上田城主となった系統の藤井松平氏の初代・松平忠晴(忠山)の霊を京都に祀った忠山社が起源とされる。明治維新後、廃藩置県で上田城が民間へ払い下げられ、城跡が桑園や麦畑へ姿を変えていくなか、旧上田藩士や旧領内の有志が旧藩主への報恩と城跡保存を願って神社創建を発起した。本丸跡の所有者だった丸山平八郎の寄附により境内地が整い、明治12年(1879年)に長野県から創立が許可された。戦後になって真田氏と仙石氏も合祀し、昭和28年(1953年)に上田神社と改称したが、市内の同名社と紛らわしいため、昭和38年に初代城主の名を冠した眞田神社へ改称して現在に至る。境内には城内唯一の大井戸と伝わる眞田井戸が残る。