滋賀県に鎮座する神社です。御祭神は吉彦命、鹿葦津姫命、吉姫命。開運のご利益で知られます。
東海道石部宿の西に鎮座する式内社。社伝によれば第十代崇神天皇68年に石部山へ神が降り、垂仁天皇2年に宇加之彦の子である吉比古・吉比女の神を黒の御前に神籬を建てて祀り、谷黒乃御前大明神と称したという。嵯峨天皇の弘仁3年（812年）、山崩れによって現在の鎮座地へ移り、承平5年（935年）に吉比古・吉比女の神を末社から本社へ遷座して社号を吉御子神社と改めた。本殿は元治元年（1864年）に大破したため、京都の上賀茂神社の旧社殿を移築し、翌慶応元年（1865年）に遷座祭を執り行った。この本殿は国の重要文化財に指定されている。近隣の吉姫神社と対をなす社として知られる。
例祭は5月1日。本殿で祭典を執り行った後、吉御子神社と吉姫神社の両社から神輿が同時に出発します。
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少彦名神・大毘古神・仁徳天皇・宇多天皇・敦実親王の四座五柱を「佐佐木大明神」と総称して祀る。延長5年（927）にまとめられた延喜式神名帳に名が載り、少彦名神がササゲの莢の舟で海を渡ってササキの郷に来たという伝承が残る。古くは沙沙貴山君の祖神とされる大毘古神を祀ったのが始まりとみられる。平安時代に宇多天皇の流れをくむ源成頼が佐々木庄に住み、孫の経方が佐々木を名乗って神主を務めて以来、宇多源氏・佐佐木
祭神の藤原旅子は太政大臣・藤原百川の娘で、桓武天皇の妃となり淳和天皇を生んだ。社伝によれば、龍華の荘（現在の大津市伊香立途中町・上龍華町・下龍華町）は藤原氏の食邑地で旅子の生誕地にあたり、延暦7年（788年）に没した際「生地である比良南麓の梛の大木の下に葬れ」と遺命したことから、この地に神霊として祀られたという。平治の乱（1159年）で敗走した源義朝の一行が当社で白羽鳴鏑の矢を献じて武運長久を祈り
創祀の年代は不詳ですが、『延喜式神名帳』に近江国浅井郡の式内社として記される「鹽津神社」の論社とされ、香取神社・香取五神社とともに比定候補に挙げられています。祭神は製塩や航海を司るとされる塩土老翁神で、彦火火出見尊と豊玉姫尊を配祀します。鎮座地の塩津浜は琵琶湖の最北端にあたり、日本海側と湖上水運を結ぶ港として古くから開けた土地で、社名も地名と結びついています。近代の社格では明治9年（1876年）に
近江国浅井郡に鎮座する式内社で、『延喜式』神名帳に載る近江国155座のうち浅井郡14社の一つに数えられる。社伝によれば桓武天皇の延暦8年（789年）、参議・橘奈良麻呂が詔を受けて草野姫命を勧請し、上許曽社と称したのが創建という。仁寿元年（851年）には正六位を授けられたと伝わる。治承年間（1177〜81年）に相殿として4柱の神を合わせ祀った。一帯は古く草野郷・上草野郷、のちに上許曽庄などと呼ばれた
