玉依姫命の名は「神霊(玉)が依り付く女性」の意と解するのが一般的で、同じ名で語られる女神が複数います。よく知られるのは二つの系統です。一つは山城国風土記逸文に見える賀茂の玉依日売で、賀茂建角身命の娘とされます。鴨川で禊をしていたときに流れてきた丹塗矢を持ち帰って懐妊し、賀茂別雷命を産んだと伝わり、下鴨神社に父神とともに祀られています。
もう一つは古事記・日本書紀の玉依毘売命で、海神の娘、豊玉毘売命の妹とされます。姉の子の鵜葺草葺不合命を育て、のちにその妃となって神武天皇らを産んだと伝わります。宮崎神宮は神武天皇の御母君として相殿に祀っています。二柱は名が同じでも、別の神と考えられています。